El trasplante fecal se realiza como tratamiento para una complicación recurrente de la terapia con antibióticos, que puede estar asociada con diarrea, calambres abdominales y, en ocasiones, fiebre.
Es la transferencia de heces de un donante sano al tracto gastrointestinal con el fin de tratar la colitis recurrente por C. difficile. El trasplante fecal generalmente se realiza mediante colonoscopia y, con menor frecuencia, mediante sonda nasoduodenal. Durante la colonoscopia, el colonoscopio se avanza a través de todo el colon. A medida que se retira el colonoscopio, las heces del donante se introducen a través de la colonoscopia en el colon del paciente.