La malaria congénita se define como la presencia de parásitos Plasmodium en los eritrocitos de los recién nacidos menores de siete días, es una consecuencia importante de la malaria en el embarazo. La malaria congénita clínicamente aparente es rara en áreas en las que la malaria es endémica y los niveles de anticuerpos maternos son altos.
Las características clínicas más comunes de la malaria congénita son fiebre, anemia y esplenomegalia. Otros signos y síntomas incluyen hepatoesplenomegalia, ictericia, regurgitación, heces blandas y mala alimentación.