Medicina molecular y genética

Requisitos de tejido y control de calidad del ADN para la secuenciación clínica dirigida de próxima generación de muestras fijadas con formalina e incluidas en parafina: una minirevisión de cuestiones prácticas

Abstract

Chung MJ, Lin W, Dong L y Li X

La mayoría de los laboratorios de patología molecular realizan análisis mutacionales para diagnosticar mutaciones de cáncer somático y evalúan opciones terapéuticas en muestras fijadas con formalina e incluidas en parafina (FFPE) como práctica diaria utilizando varios métodos. Estudios recientes muestran que la secuenciación de próxima generación (NGS) dirigida es un método de diagnóstico prometedor con muchos beneficios, incluida la detección simultánea de múltiples mutaciones en varios genes en una sola prueba. El ADN de alta calidad es esencial para un desempeño eficiente y exitoso de NGS. Sin embargo, el bajo porcentaje de tejido tumoral y la baja calidad del ADN son las principales limitaciones para usar ADN FFPE para el ensayo NGS. Revisamos y discutimos la cantidad de tejido requerida para el ensayo NGS, el efecto de la fijación con formalina en la integridad del ADN y el método para la reducción de artefactos de secuenciación inducidos por formalina. También revisamos los métodos de extracción de ADN, los métodos de control de calidad del ADN y el flujo de trabajo de control de calidad para ácidos nucleicos y bibliotecas. Esta revisión proporciona una descripción general para los laboratorios de patología molecular o investigadores que están considerando la NGS para detectar mutaciones de cáncer somático utilizando pequeñas muestras FFPE.