La adición o presencia de sustancias indeseables en cuerpos de agua se denomina contaminación del agua. Ocurre cuando sustancias extrañas como productos químicos, aguas residuales de los hogares, efluentes de industrias, etc., se vierten directa o indirectamente en cuerpos de agua. Cualquier alteración en las propiedades físicas, químicas o biológicas del agua puede denominarse contaminación del agua.
La contaminación del agua se puede clasificar en contaminación de fuentes puntuales, fuentes difusas y contaminación de aguas subterráneas.