La espectrometría de masas ayuda principalmente a medir la masa proteica, la identidad de las proteínas y la cuantificación con alta velocidad y precisión. También analiza otras moléculas como lípidos, glicanos y oligonucleótidos. Esta técnica descompone las proteínas en péptidos. Esta técnica incluso estudia la actividad catalítica de las proteínas. Los avances en espectrometría de masas han disminuido simultáneamente el costo y aumentado la resolución y flexibilidad de estos instrumentos. Los avances en el procesamiento de datos han permitido el análisis de espectros de masas de alto rendimiento. Para analizar las moléculas mediante espectrometría de masas, la creación de iones en fase gaseosa es un criterio imprescindible. Los dos métodos comúnmente utilizados en espectrometría de masas son: MALDI (desorción láser asistida por matriz) que ioniza moléculas cocristalizadas con una matriz orgánica seguido de un proceso de fotoinonización para la ionización del analito. Los iones se producen inicialmente como moléculas proionadas individualmente y, en combinación con un espectrómetro de masas de tiempo de vuelo (TOF), la sensibilidad está en un rango bajo.
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