La ecología molecular es una rama de la biología que utiliza técnicas y conocimientos de varios campos específicos, todos relacionados con la genética, para estudiar la ecología y cómo la genética y el desarrollo de las especies están influenciados por factores ecológicos. Generalmente se considera que estos estudios se centran en estudios de campo más que en investigaciones de laboratorio puras. Los ecólogos moleculares estudian el desarrollo y las relaciones genéticas entre especies y cómo los factores ambientales pueden influir en ellas. También utilizan los datos que adquieren a través del estudio de la genética para cuantificar la historia evolutiva de las especies y la diferenciación de las mismas.
La investigación de campo se enfatiza en la ecología molecular por varias razones. El principal de ellos es que la ecología molecular en sí gira en torno a la forma en que la genética y el desarrollo de las especies se ven afectados por factores ecológicos y ambientales. Otra consideración importante es que muchos sujetos, en particular los microorganismos, no están fácilmente disponibles para el cultivo y estudio en el laboratorio. Por supuesto, la ecología molecular no es puramente una disciplina de campo, y mucho trabajo se realiza también en el laboratorio, pero al igual que la ciencia de la arqueología, mucho trabajo importante se realiza y se seguirá realizando en el campo.
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