La metabolómica humana incluye un conjunto completo de todos los metabolitos potenciales que pueden expresarse en cualquier ser humano en todas las condiciones. La sangre, la saliva y la orina son las fuentes más probables de biofluidos para la metabolómica humana. El avance en este campo ha desarrollado la base de datos del metaboloma humano que contiene registros de más de 2180 metabolitos endógenos con información recopilada de miles de libros, artículos de revistas y bases de datos.
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