Revista de bioanálisis y biomedicina

Análisis filogenético de los genes de resistencia a antibióticos en especies de Salmonella in silico .

Abstract

Nusrat Nahar* y Ridwan Bin Rashid

La resistencia a los antibióticos es un problema emergente tanto en los países desarrollados como en los países en desarrollo. Ha sido responsable de 700.000 muertes en todo el mundo. Algunos genotipos de bacterias son más sensibles a ciertos antibióticos que otros. Por lo tanto, al realizar un análisis filogenético de las bacterias y detectar la presencia de genes de resistencia en cada genotipo, podemos seleccionar el antibiótico que sería más eficaz para las bacterias en ese genotipo determinado. Se investigó un total de cuarenta y cinco especies de Salmonella para detectar la presencia de genes de resistencia a los antibióticos mediante amplificación por PCR (reacción en cadena de la polimerasa) in silico y se realizó un análisis PFGE (electroforesis en gel de campo pulsado) para evaluar la relación filogenética. Se seleccionaron un total de veintiocho genes de resistencia a los antibióticos para analizar los aislamientos y se encontraron diecisiete genes de resistencia a los antibióticos entre las cepas de Salmonella . Casi todos los aislados (n=43) exhibieron producto de amplificación de PCR para genes gyrA mientras que los genes de resistencia a fluoroquinolonas gyrB (66,67%), parC (68,89%) y parE (15,56%) también estaban presentes. Se encontró que alrededor del 15,56% y 11,11% de los aislados albergaban el gen de adenililtransferasa, aadA1 y aadA2, respectivamente, mientras que el gen de fosfotransferasa se detectó en solo un aislado. Dos aislados expresaron ambos genes de acetiltransferasa de cloranfenicol, cat1 y cat2. Tres aislados (6,67%) albergaron el gen de resistencia al cloranfenicol cmlA mientras que dos aislados (4,44%) expresaron el gen de resistencia al florfenicol, floR. El gen de resistencia a la tetraciclina, tetA fue más prevalente (8,89%) que los genes tetG (2,22%). Salmonella contenía los tres genes de resistencia a las sulfonamidas, mientras que sulII era más frecuente (17,78%). El genotipo 2 contenía quince genes de resistencia a los antibióticos, mientras que el genotipo 3 contenía solo un gen de resistencia a los antibióticos. Estas investigaciones utilizaron un enfoque asistido por computadora para genotipar los aislados y evaluar la diferencia en el perfil de resistencia a los antibióticos de las especies de Salmonella según el genotipo. Estos datos ayudan a predecir los genes de resistencia a los antibióticos que podrían estar presentes en un aislado de genotipo conocido y a seleccionar el antibiótico para el tratamiento de las infecciones por Salmonella según su grupo filogenético.