Revista de atención y enfermedades respiratorias clínicas: acceso abierto

Resultados concordantes de la detección de mutaciones del receptor del factor de crecimiento epidérmico mediante reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real y tecnología de torrente iónico en el cáncer de pulmón de células no pequeñas

Abstract

Satu Mäki-Nevala, Aija Knuuttila, Sakari Knuutila y Virinder Kaur Sarhadi

En la actualidad, la detección sistemática de mutaciones activadoras del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP) se lleva a cabo en el diagnóstico de rutina para seleccionar a los pacientes que podrían beneficiarse de las terapias con inhibidores del EGFR. Nuestro objetivo fue comparar las pruebas de mutación del EGFR mediante la tecnología Ion Torrent PGM, utilizando el panel AmpliSeq Colon and Lung Cancer, con la PCR en tiempo real para evaluar la precisión de la secuenciación de próxima generación (NGS) en la detección de mutaciones del EGFR clínicamente relevantes en el CPCNP. En total, se analizaron 368 muestras de pacientes con CPCNP para detectar EGFR mediante PCR y también se secuenciaron mediante Ion Torrent PGM utilizando el panel AmpliSeq Colon and Lung. Las muestras fueron muestras tumorales fijadas con formalina e incluidas en parafina de pacientes finlandeses con CPCNP. Las mutaciones estudiadas para la comparación fueron G719X, S768I, T790M, L858R, L861Q, deleciones en el exón 19 e inserciones en el exón 20. La comparación de las mutaciones de EGFR detectables tanto por el kit de PCR como por el panel NGS mostró un alto grado de concordancia entre los dos métodos. De 368 muestras, 31 de 32 positivas por PCR también fueron positivas por NGS, y 336 de 336 negativas por PCR para estas mutaciones también fueron negativas por NGS, lo que arroja una concordancia del 99,7%. Dos muestras negativas por PCR mostraron inserciones en el exón 20, que no fueron detectables por PCR. En una muestra, NGS no detectó la mutación G719X que tenía una señal muy débil en PCR. Nuestro estudio muestra que la tecnología PGM de Ion Torrent proporciona resultados altamente comparables con la PCR estándar. Por lo tanto, esta metodología NGS es sensible y confiable a la hora de probar mutaciones de EGFR clínica y diagnósticamente significativas en muestras FFPE.