Revista de enfermería y cuidados

XdropTM - Secuenciación dirigida habilitada en la oscuridad y lo desconocido

Abstract

Peter Mouritzen

Los datos de secuenciación dirigida nunca serán mejores que el material de entrada generado durante el proceso de enriquecimiento dirigido. Si bien esto puede parecer trivial, muy pocas tecnologías de enriquecimiento dirigido permiten mantener la integridad y la calidad del ADN durante el enriquecimiento. Esto da como resultado resultados tanto falsos positivos como falsos negativos y puede afectar significativamente las conclusiones. La tecnología Xdrop™, un novedoso sistema de desarrollo dirigido basado en microfluidos robotizados, permite un rápido desarrollo dirigido al mismo tiempo que conserva la calidad del ADN y, por lo tanto, hace posible evitar las rarezas antiguas que se presentan con otros avances de mejora. Aquí mostramos el sistema Xdrop™ que se utiliza para secuenciar infecciones incorporadas y su agrupamiento cromosómico oscuro circundante, repeticiones de GC largas y mostramos la estadificación de los cambios de crecimiento maligno a partir de subnanogramos de ADN. Se mejoran y secuencian distritos de 40 a 70 kb utilizando la secuenciación Illumina, PacBio y Oxford Nanopore con alta inclusión. Además de los reactivos Xdrop™, se utilizan tan solo entre 0,2 y 10 ng de ADN de entrada y dos cebadores adyacentes de 20 a 25 pb para enriquecer una región cromosómica, por lo que es rápido y fácil preparar una nueva región. Los cebadores se encuentran en la parte central de la región enriquecida, lo que significa que también se pueden enriquecer regiones parcialmente desconocidas utilizando el sistema, lo que lo hace relevante para regiones con variación estructural, edición de genes CRISPR, cierre de brechas, virus o bacterias variables, pseudogenes, etc. También demostramos que el sistema Xdrop™ se puede utilizar para la amplificación isotérmica general e imparcial de pequeñas cantidades de muestras de ADN para cualquier tipo de secuenciación posterior.