Ciencia y terapia del cáncer

Secuenciación de próxima generación en el Servicio Nacional de Salud de Inglaterra: un proceso que coincide plenamente con Sanger

Abstract

Kevin Blighe, Nick Beauchamp, K. Elizabeth Allen, Isabel M. Nesbitt, Jennifer Dawe, Darren Grafham y Ann Dalton

Dado que la tecnología de secuenciación de nueva generación (NGS) ya se ha convertido en un elemento habitual en la investigación, ha llegado el momento de que los entornos clínicos también aprovechen los beneficios de dicha tecnología. De hecho, la gran promesa de la NGS tiene el potencial de traducirse en una mejor atención al paciente. Sin embargo, todavía existen dudas sobre el uso generalizado de la NGS en el diagnóstico clínico. Antes de su implementación, debe haber un consenso sobre qué canal analítico utilizar, con una confirmación posterior de las variantes con el estándar de oro: la secuenciación de Sanger.

En este artículo, presentamos un proceso analítico de secuenciación de nueva generación que coincide completamente con 341 variantes mediante la secuenciación de Sanger y que ya se está utilizando en nuestro laboratorio de diagnóstico clínico en el Servicio Nacional de Salud de Inglaterra para la detección regular de variantes patógenas hereditarias. Puede encontrar detalles sobre nuestro proceso de secuenciación de nueva generación y otros servicios en http://www.sheffieldchildrens.nhs.uk/our-services/sheffield-diagnostic-genetics-service/. Nuestro proceso sigue en líneas generales las pautas de "mejores prácticas" establecidas por el GATK en el Broad Institute, con un nuevo enfoque adicional que implica la selección aleatoria de subconjuntos de lecturas y la posterior fusión de variantes llamadas de cada uno. Esto permite eliminar los falsos negativos con un alto nivel de confianza. Además, el modelado de una profundidad de cobertura reducida revela que 30X es el punto en el que los falsos positivos se eliminan con una confianza >99,9%.

Nuestros resultados aluden a un delicado equilibrio entre la profundidad de lectura y el error, y creemos que nuestro proyecto aumentará la confianza en la NGS y permitirá su incorporación gradual en los laboratorios de diagnóstico clínico.