Ciencia y terapia del cáncer

Corrección de fondo basada en modelos (MBCB): métodos R y GUI para datos de matriz de perlas de Illumina

Abstract

Jeffrey D. Allen, Min Chen y Yang Xie

Resumen: La plataforma Illumina BeadArray (Illumina Inc.) está desempeñando un papel cada vez más importante en la investigación del cáncer. MBCB, un paquete R diseñado para su uso en datos de Illumina Bead-Array, permite que los datos de microarrays se procesen previamente mediante varios métodos estadísticos basados ??en modelos. Estos métodos de corrección de fondo basados ??en modelos han demostrado ser una mejora significativa con respecto a los métodos tradicionales proporcionados por Illumina en su software BeadStudio. MBCB acepta los datos resumidos de tipo de perla; los datos se pueden normalizar y corregir de fondo de una manera estadísticamente eficiente. En comparación con el popular enfoque de corrección de fondo Robust multi-array (RMA) y el método de corrección de fondo predeterminado proporcionado por Illumina, MBCB ha demostrado conducir a una determinación más precisa de la expresión genética y una mejor interpretación biológica de los datos de Illumina BeadArray. El software desarrollado facilitará la investigación biomédica molecular, especialmente la del cáncer. Disponibilidad: Este paquete estará disponible próximamente en Bioconductor. Las instrucciones de uso se incluyen con el paquete.