Ciencia y terapia del cáncer

Análisis integrado de los perfiles del transcriptoma y del micrornoma en el colangiocarcinoma

Abstract

Fábio E Severino, Claudia N Hasimoto, Maria AM Rodrigues, Juan C Llanos and Patricia P Reis

Objetivo: Identificar la expresión desregulada de miRNA y genes diana en el colangiocarcinoma (CCA), así como interacciones fármaco-gen que puedan ser útiles para el tratamiento del paciente.

Métodos: Analizamos datos cuantitativos de expresión de transcriptoma y de secuenciación profunda de miRNA de 45 muestras, 36 CCA y 9 tejidos biliares histológicamente normales, obtenidos del repositorio público The Cancer Genome Atlas (TCGA). Se utilizaron métodos bioinformáticos para identificar e integrar la expresión diferencial de miRNA y los perfiles de transcriptoma en CCA frente a tejidos normales. Se identificaron miRNA desregulados y los genes diana correspondientes y se mapearon en redes de miRNA-mRNA.

Resultados: Los resultados mostraron 64 miRNA expresados ??diferencialmente (48 sobreexpresados ??y 16 subexpresados) entre CCA y tejidos biliares normales correspondientes. Además, se identificaron 432 genes (180 sobreexpresados ??y 252 subexpresados) entre CCA y muestras normales. Identificamos miRNA individuales con el mayor número de dianas genéticas. Entre estos, miR-125a estaba sobreexpresado y tuvo el mayor número de interacciones directas con 33 dianas de ARNm. Los miRNA miR-122 y miR-139 fueron los miRNA subexpresados ??con el mayor número de interacciones (9 dianas cada uno). Se encontró que miR-122 modula la expresión del factor de transcripción FOXM1, conocido por estar involucrado en la tumorigénesis y la metaloproteinasa de matriz MMP7, un mediador importante de la invasión tumoral. Se predijo que miR-148 y miR-194 modularían NQO1, que está regulado positivamente en el cáncer y asociado con la resistencia al tratamiento en el colangiocarcinoma.

Conclusión: La novedad de nuestro estudio es la identificación de redes complejas desreguladas de miRNAs y genes diana en CCA. Los miRNAs con un gran número de dianas pueden tener un mayor impacto funcional en la regulación celular. Estos hallazgos contribuyen a una mejor comprensión de la biología de CCA. Los miRNAs y genes diana identificados son candidatos potenciales para el diseño de estrategias de validación para la caracterización de biomarcadores clínicamente aplicables; dichos biomarcadores pueden ser útiles para el desarrollo de terapias dirigidas molecularmente que puedan beneficiar a los pacientes.