Ciencia y terapia del cáncer

Variaciones genéticas de genes seleccionados mediante secuenciación profunda dirigida en pacientes con cáncer colorrectal

Abstract

Eman E Farghal, Marwa H Saied, Fatma M Ghaith, Gamal I Moussa, Gehan El-Sharnobi, Samah M Soliman, Hesham Tawfik, Omnia Abdelfattah6, Enas A Abdul-Baki, Fatma Gharib, Lamis Mohamed6, Mohamed R El-Shanshory, Amira Y Abdelnaby, Mohamed L Salem, Mona Watany, Abdel Aziz A Zidan, Yahia S Abdou y Said M Abdou

Antecedentes: El carcinoma colorrectal (CCR) es un problema de gran magnitud en un país en desarrollo como Egipto, ya que los pacientes suelen ser ingresados ??en una etapa avanzada con mal pronóstico y una supervivencia general corta. Debido a la predisposición genética al CCR y a la introducción de técnicas moleculares avanzadas, los esfuerzos se dirigen a detectar variantes potencialmente patógenas o causantes de enfermedades en pacientes con CCR.

Métodos: Se aisló el ADN de secciones de tejido incluidas en parafina y fijadas con formalina, obtenidas de 24 pacientes con diagnóstico confirmado de cáncer colorrectal. Se utilizó el panel TruSight CRC (Illumina) para la detección de diferentes variantes en 15 genes. Las lecturas generadas se obtuvieron de Illumina Miseq y se agruparon en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y pequeñas inserciones/deleciones (Indels). Se identificaron otras variantes patogénicas con mutaciones somáticas y de la línea germinal de acuerdo con los criterios recomendados. Algunos pacientes con cáncer colorrectal fueron sometidos a terapia dirigida contra el EGFR.

Resultados: La mayoría de las variantes se detectaron en el gen TP53 140 variantes (65%); 105 deleciones cortas ninguna de ellas patógena, 29 mutaciones sin sentido y 6 SNP en sitios de splicing. A continuación, ERBB2 tiene 17 variantes (8,8%) (sin sentido y splicing), 8 de ellas eran variantes dañinas causantes de enfermedad. Además, se identificaron 16 variantes patógenas en 12 pacientes (6 en TP53 y 7 en KRAS). Algunas variantes patógenas no se habían informado antes en CRC, p. ej. TP53 C>A, rs121912654, Val157Phe. Además, los pacientes portadores de diferentes mutaciones salvajes de KRAS mostraron una respuesta variable a la terapia diana anti-EGFR.

Conclusión: La vía más afectada en el cáncer colorrectal fue la TP53, seguida de los genes ERBB2, NRAS, KRAS y PIK3CA. La respuesta variable a la terapia dirigida sugirió una dependencia del tipo de variante patogénica identificada, así como un posible papel de ERBB2, que tuvo una frecuencia de variantes significativa.