Revista de SIDA e investigación clínica

Establecimiento de un ensayo interno cuantitativo de RT-PCR en tiempo real para la medición de la carga viral del VIH-1: aplicación para evaluar la eficacia de la terapia antirretroviral en pacientes ghaneses en un entorno urbano

Abstract

Jacob Samson Barnor, Norio Yamamoto, James Ashun Mensah Brandful, William Ampofo, Joseph Humphrey Kofi Bonney, Evelyn Bonney, John Kofi Odoom, Simeon Aidoo, Michael Alale, Nana Afia Ntim, Yaw Owusu Amoah, Sampson Badu Ofori, Jerry Ndzinu, Ishmael Dzigbordi Aziati, Nii-Akwei Addo, Alexander Nyarko, Eiji Ido, Koichi Ishikawa y Shoji Yamaoka

El objetivo de este estudio fue establecer y aplicar una reacción en cadena de polimerasa con transcripción inversa cuantitativa en tiempo real (RT-PCR) para la cuantificación del ARN del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) en pacientes en tratamiento antirretroviral (TAR) en Ghana, donde prevalecen cepas recombinantes como CRF02_AG. Se optimizaron las concentraciones de cebadores y sondas TaqMan, así como las temperaturas de reacción para establecer un sistema de ensayo cuantitativo interno eficiente para el ARN del VIH, una herramienta para la medición de la carga viral del VIH en pacientes. Luego se utilizó un amplicón de PCR específico del VIH ya establecido (HIV-1 NL4-3) como estándar externo para estimar la linealidad, la eficiencia de amplificación, la sensibilidad analítica y la reproducibilidad del ensayo cuantitativo interno en tiempo real. Finalmente, se aplicó el ensayo para cuantificar la carga viral en muestras clínicas de pacientes con VIH en TAR. El ensayo cuantitativo en tiempo real demostró tener buena linealidad (R2=1,0), alta eficiencia de amplificación (E=1,91), alta sensibilidad (180 copias/ml) y alta reproducibilidad (rango de coeficiente de variación, de 1 ,25% a 3,58%). La especificidad y sensibilidad analíticas del ensayo en muestras clínicas fue del 96,7% y 95,0%, respectivamente. La herramienta establecida es confiable y cubre todos los genotipos relevantes, incluidas las formas raras y recombinantes que circulan en la subregión. Por lo tanto, podría permitir el seguimiento general de la terapia antirretroviral en pacientes que viven en entornos con recursos limitados debido a su simplicidad, rapidez y menor intensidad de trabajo.